Český zákon o životním prostředí ekosystém definuje jako „funkční soustavu živých a neživých složek životního prostředí, jež jsou navzájem spojeny výměnou látek, tokem energie a předáváním informací, a které se vzájemně ovlivňují a vyvíjejí v určitém prostoru a čase.“

Ekosystém se dá chápat ale různými způsoby. Můžeme ho vnímat jako jeden velký celek naší planety – tedy globální ekosystém. Zároveň se na ekosystémy můžeme zaměřit jako i na mnohem menší celky – například ekosystém lesa, vody, nebo i ekosystém trávicího ústrojí.